对于跨性别的原因，目前还没有确切的答案。医学研究发现，早期胚胎有发展成为男性或女性器官的潜能：在怀孕7周后，如果没有分泌胎儿雄性激素，胚胎就倾向于发展为女性，若分泌了足够的雄性激素，男性生殖器官将开始发育。

这一时期的雄性激素水平不仅决定了生殖器官的发育，也决定了性别认同。