芽孢杆菌在生长过程中能分泌各种不同胞外酶，分解水体中残留有机物和氨氮亚盐等有害物质，从而达到改善水质的目的。

芽孢杆菌能将池塘中残留大分子有机物降解为小分子物质，有利于单细胞藻类利用，促进养殖水体中有益藻类生长繁殖，抑制蓝藻等有害藻类生长，维持良好藻相。

巨大芽孢杆菌能有效降解水体中亚硝酸盐和难溶性磷。侧孢短芽孢杆菌代谢产物对颤藻有很好的溶藻效果。抑制铜绿微囊藻的生长。