不同菌株产生的芽胞结构是不同的。

以枯草芽胞杆菌为例，首先是核心结构，核心结构由细胞膜和细胞壁一次包裹，然后是结构致密的皮层结构，然后是芽胞衣结构，有些芽胞的芽胞衣外面还有芽胞外壁的结构。芽胞是营养体遇到恶劣条件形成的一种细胞形态，算是一种休眠体，等待外界环境适应营养体生长的时候，芽胞开始萌发，然后形成营养体继续他的生命周期。有些芽胞具有一定的致病性，像炭疽芽胞杆菌的芽胞毒力很强，可作为生化武器。