丙酮酸是生物体内中央分子之一，去向很多，①变为乙酰辅酶A进入TCA，②糖异生③脱氢变为乳酸④脱羧变为乙醛，然后成为乙醇。丙酮酸在糖解作用等过程中有重要作用：

它可以在细胞质液葡萄糖进行糖酵解的过程中，由磷酸烯醇式丙酮酸产生。每mol葡萄糖在此过程中为细胞提供2 mol丙酮酸，2 mol ATP和2 mol NADH+H+。

丙酮酸可以继续进入克氏循环继续氧化分解。从1 mol葡萄糖中所得的2 mol丙酮酸在线粒体中可以分解为6 mol CO2，8 mol NADH+H+，2 mol FADH2和2 mol GTP。

在无氧呼吸中丙酮酸可以转化为乳酸或者乙醇。

丙酮酸的代谢产物会随尿液被排除。