长江的污染来源主要集中在以下几个方面：
其一是工业废水与生活污水的污染。工矿企业废水和城镇生活污水是长江流域的主要污染源之一。据环保总局统计，2003年，长江流域废水排放总量已达163．9亿吨，其中工业废水排放量72．5亿吨，生活污水排放量91．4亿吨主要污染物化学需氧量排放总量481．4万吨，其中工业废水排放量131．8万吨，生活污水排放量346．6万吨。
其二是农业面源污染严重。主要包括：化肥、农药、畜禽养殖业、农业固体废弃物、农村生活污水和山林地区径流污染等。据环保总局估计，长江流域农业面源污染物总量与工业、城市生活等点源排放的污染物总量相当。
其三是航运量激增带来大量船舶污染。长江是横贯我国东西的水上运输大动脉，航运业十分发达，常年在水上运营的船舶有21万艘，这些船舶每年向长江排放的含油废水和生活污水达3．6亿吨，排放生活垃圾7．5万吨。另外，因海损事故造成的油品、化学品污染事件也时有发生，对长江水环境构成了极大威胁。
