东汉将洛阳之外的地区划分为十二个州，各遣刺史一人为长官。诸州沿西汉汉成帝制度，设州牧一人，秩二千石。建武十八年（公元42年）改刺史，秩六百石。汉灵帝中平五年（公元188年），再改州牧，秩二千石。东汉刺史有固定的驻地和官署，纠劾所部太守县令不必如西汉制度上三公按验，可以直接罢免之。改州牧后，兼领军政，位高权重，有点类似于唐朝的节度使，而管辖地域的广阔，又不是节度使所可以相比的。
郡太守秩皆二千石，只有河南郡因京师所在，长官称河南尹，位比九卿，秩中二千石。诸郡各置丞一人，位次太守，秩六百石，负责民政事务边郡（就是设置在边境地区的郡）另置长史一人，秩六百石，负责军政事务。长史之下有司马一人，负责具体军事指挥。东汉内地不设郡都尉，以太守领兵。边郡置都尉或属国都尉领军并辖县，地位略与内地较小的郡相仿。如汉和帝永元元年（公元89年），置西河属国都尉、上郡属国都尉永和十五年（公元105年）置辽东西部都尉汉安帝置右扶风都尉、京兆虎牙都尉等。
