金立S6 Pro运行基于Android 6.0深度定制的amigo OS 3.2系统，延续了amigo OS传统的一体式设计。系统图标则以圆角矩形和圆形为主，并采用扁平化设计，整体看起来较小清新快捷操作键整合在上拉菜单里，与下拉菜单分开，大大提高了操作效率。