什刹海是元大都规划设计的最基本的依据之一。全城自北向南的中轴线是紧傍积水潭而选定的大都城四面的城墙位置是依积水潭东南岸的距离而建的。元朝曾依托这一片水域在东岸确定了都城建设的中轴线，什刹海开始成为元、明、清三代城市规划和水系的核心。元代名海子，为一宽而长的水面，明初缩小，后逐渐形成西海﹑后海﹑前海，三海水道相通。
明中叶什刹海水面稻田增加而湖面锐减，在德胜桥东南，开挖一条直通下游水面的渠道岔河），与后海隔开，积水潭水由岔河直流到前海，南经西压闸入皇城，同时向西北，过银锭桥倒流入后海，形成“银锭观山水倒流”的景观。
顺治元年（1644年）清朝定都北京，内城由各旗分别管辖，今什刹海地区属正黄旗。康熙二十七年（1688年）疏浚什刹海。
1949年新中国成立后，北京市政府对什刹海进行了清淤工作，又在岸边上建立了水泥栏杆。
