第一阶段：

反应场所：细胞质基质

反应式：C6H12O6酶→2C3H4O3(丙酮酸)+4[H]+少量能量 (2ATP)（4[H]为4NADH）

第二阶段：

反应场所：线粒体基质

反应式：2C3H4O3(丙酮酸)+6H2O酶→20[H]+6CO2+少量能量 (2ATP)（20[H]为16NADH和NADPH）

第三阶段：

反应场所：线粒体内膜

反应式：24[H]+6O2酶→12H2O+大量能量(34ATP) （24[H]为10*2NADH和2*FADH2）

有氧呼吸的总反应式是：C6H12O6+6H2O+6O2→6CO2+12H2O+大量能量（最多38个ATP，一般是29-30个ATP）