以病原菌为例，吞噬、杀菌过程分为三个阶段，吞噬细胞把吞噬细菌吞了是进入了吞噬细胞的内部，依靠细胞膜的流动性得以实现胞吞，吞噬细胞和病菌接触、吞入病菌、杀死和破坏病原菌。吞噬细胞内含有溶酶体，其中的溶菌酶、髓过氧化物酶、乳铁蛋白、防御素、活性氧物质、活性氮物质等能杀死病菌，而蛋白酶、多糖酶、核酸酶、脂酶等则可将菌体降解。最后不能消化的菌体残渣，将被排到吞噬细胞外。

细菌被吞噬在吞噬细胞内形成吞噬体溶酶体与吞噬体融合成吞噬溶酶体溶酶体中多种杀菌物质和水解酶将细菌杀死并消化菌体残渣被排出细胞外。