The End of Evangelion是EVA的官方结局。在RCB中注明EOE是取材于原有TV版第25话及其以后的内容而原25话由于制造错误没有在TV上播出（应该是因为没钱了）。但是，那并不说明TV版的结局是错的，那只是另一种可能而已。
那么TV版的结局和剧场版的结局的意义一样么
在我看来——不。在TV版的结局中真嗣赞成补完－但我们甚至不清楚他是否作出了选择。那只不过是切断了与现实世界联系的人类补完计划的一个例子。在最后，真嗣愉快地看着补完后的世界微笑着说“我明白了！我在这里”之后许多人出现祝贺他的选择，包括活着的和死了的（加持）朋友，健康的有腿的东治甚至PenPen。这是一幕超现实主义的结局。这个结局的主题与 George Orwell在1949年出版的著名政治寓言小说《1984》有一定意义上的联系。奥维尔另外一部著名作品就是有名的《动物庄园》。《1984》实际上是一部讽刺和揭示专制控制和人类劣根性的政治批判性质的架空小说。小说最后，主角温斯顿放弃了对强权的斗争与反抗，自甘于谎言和屈从，是一个很压抑的悲剧结局也颇具讽刺意味。作者可能希望借此比喻《EVA》TV版结局看似完美实则相反的观点。与此相反，剧场版的结局是另一种模式的结局。真嗣在电影的最后几分钟作出了选择：他完全拒绝了那个切断了与现实的联系，创造出一个虚假的伊甸园般的人类补完计划。人类补完计划只是逃避现实的手段，而真嗣成熟地认识到了这一点。影片的结尾不是那个超现实的，致幻药所造成的幻觉般的大家对真嗣说“祝贺你”的场景，而是一个冰冷残酷的现实世界。并且，以下是The Newtype Filmbook对于TV版结局场景的描述：“在众多祝贺声中，真嗣的嘴角绽开微笑（并且洋溢到脸上）。一张幸福的脸——那是补完后的真嗣的表情。这也是众多结局中一个可能的结局。”注意，“补完后的真嗣的表情”，这句话看上去干巴巴的。
下面是EOE的严格的简短回顾只包括重要的方面和几个最后的细节：SEELE坚信人类已经成为了一种无可救药的没有价值的生命，于是为了人类的幸福，所有的生命应该灭亡（“神、人和所有的生命必须死亡以成为一体”－SEELE），在这个过程中，人类会成为一个完美的单一个体。这就是人类补完计划。元度有另外一个人类补完计划而他的计划看起来需要利用丽、亚当和莉莉丝来完成。而SEELE的计划需要初号机（莉莉丝的直接克隆体），量产机和隆基努斯之枪（开始时需要隆基努斯之枪的原件，但后来它的复制品也可以了）。SEELE的人类补完计划好像是从二号机的死亡和隆基努斯之枪的原件回归初号机开始发动的。而这时在最终教条，元度把亚当（亚当被元度移植到了他的手上——这可以在24话的编辑版中很清楚的看出来）伸进丽体内以带他去与莉莉丝融合。但是“出于丽自己的意愿”她拒绝了融合，自己回归了莉莉丝——然后把人类的命运交到了元度的儿子－真嗣的手中。当补完进行到最后，他有机会决定是继续补完还是以人类的形态回到现实中去，真嗣选择了回到现实中去，因为无论多么痛苦，真实也比虚假的幸福来得好。（熏问：“AT立场会再次伤害你和其他人，你肯定么”真嗣说：“ 那好吧。”）量产机开始崩坏，隆基努斯之枪的复制品也消失了。随着人类灵魂流向大地，无数闪光的十字架与初号机和隆基努斯之枪升上宇宙。唯爱抚着真嗣的脸颊与他作最后的道别。在这个闪回镜头中，唯对于EVA的真正目的终于在她的遗言中揭晓了——她希望在太阳、月亮和地球消失之后人类仍然能存在宇宙中。真嗣在荒凉的海边醒来。胳膊和眼睛包扎着与和丽类似绷带的明日香在他身边一动不动。真嗣出于爱恨交加的感情开始掐明日香的脖子，只是当他感觉到明日香的手抚摸过他的脸时才停下。他崩溃了，趴在她身上号啕大哭。
