交通重大项目原则上将主动避让国家生态红线和省级生态空间管控区域规划。对于法定禁止区域，交通项目坚决避让其它红线区域，交通项目能让则让。目前主要有三种无法避让的特殊情况，一是跨越河流的，生态红线为河流，线性工程难以避让二是扩建项目，已建成的交通项目被纳入了生态红线规划范围，项目扩建时无法选线避让三是航道项目，航道项目为水资源综合利用项目，航道本身是借水行舟，无法避让。
针对确实无法避让生态红线的交通建设项目，近年来江苏交通建设已进行了大量的无害化穿越工程实践。
目前，交通项目主要无害化穿越方式有：一是在路线穿越片状的红线区域，如湖泊、湿地等时，提高桥梁比例、加大桥梁跨径等二是遇到敏感水体，桥面径流收集已经成为桥梁工程的一部分尽量小地对原始自然环境进行改动。三是在路基防护设计中，将防护、排水与景观、历史、人文等专业相结合进行综合系统设计四是高速公路路堤排水采用防护和排水综合体系，排水系统与坡面防护体系互相协调，实施路基边坡生态防护体系五是环保新材料的运用，比如泡沫轻质土，该技术具有明显的生态效益，垂直充填轻质土可以收缩路基边坡，减少对生态红线区域的占用，减少取土坑占地面积。
陆永泉建议，国家应加快建立交通线性工程无害化穿越生态红线工作机制：一是建议国家组织研究编制《交通建设项目无害化穿越生态红线技术指南》，用于指导各类生态红线的无害化穿越方式。
二是建议国家在生态红线规划评估时统筹考虑多规合一要求，将拟新建的省重大交通项目涉及生态红线部分调整出生态红线规划。
三是建议国家将航道工程视同水利工程，在环评审批中按非开发类项目进行管理，允许在生态红线和生态空间管控区域内清淤、疏浚。
