木瓜具有健脾消食和胃祛风湿止疼作用。临床上可以用于风湿或者类风湿导致的关节疼痛，腰腿疼等，可以和桑寄生，杜仲，续断一起治疗。还可以治疗脾胃不好引起的食欲不振，消化不良，食少纳呆等症状。另外，木瓜还可以具有通乳的作用，多与通草配合。