顺治皇帝从顺治十四年开始就对佛教产生了兴趣，曾派人从江南请来了高僧玉林通、茆溪森师徒进京说法，后来竟要求玉林通为他起法名，玉林通无奈只得依从，顺治皇帝从中选择了“行痴”。董鄂皇后死后，顺治皇帝万念具灰，决心遁入空门，以求解脱，并要求茆溪森为他剃度，太后与诸大臣的劝说都无济于事，好在茆溪森的师傅玉林通赶到，提出如果茆溪森敢为顺治剃度，就当场烧死他，顺治帝无奈，只得派自己的贴身太监吴良辅作为替身，入寺修行。
本来就体弱多病的顺治皇帝经过这几次变故，身心遭到了极大的伤害，董鄂妃死后仅半年，顺治帝就得了当时的不治之症——天花。当时正直元旦，无论宫中与民间都张灯结彩准备欢度新年，就在这时皇帝病重的消息从宫中传出，朝廷传谕全国“毋抄豆、毋点灯、毋泼水”，并颁布大赦令，可是并无收效。在钦定皇三子即位、口述遗照后，顺治皇帝于正月初七日半夜崩于养心殿，时年二十四岁。
顺治皇帝死后，尸体被火化，于康熙二年与孝康皇后（康熙帝生母）、孝献皇后（董鄂氏）和葬入清东陵中的孝陵。
