河流有黄河、额尔古纳河、嫩江和西辽河四大水系。
内蒙古大小河流千余条，其中流域面积在1000平方公里以上的有107条，中国的第二大河——黄河，由宁夏石咀山附近进入内蒙古，由南向北，围绕鄂尔多斯高原，形成一个马蹄形。其中流域面积在1000平方千米以上的河流有107条流域面积大于300平方千米的有258条。有近千个大小湖泊，主要有呼伦湖、贝尔湖、达里诺尔湖、乌梁素海、岱海、居延海等。
内蒙古自治区按自然条件和水系的不同，分为：大兴安岭西麓黑龙江水系地区（克鲁伦河、额尔古纳河）呼伦贝尔高平原内陆水系地区大兴安岭东麓山地丘陵嫩江水系地区（罕诺河、那都里河、多布库尔河、甘河等）西辽河平原辽河水系地区（老哈河和西拉木伦河）阴山北麓内蒙古高平原内陆水系地区阴山山地、海河、滦河水系地区阴山南麓河套平原黄河水系地区（黄河、大黑河）鄂尔多斯高平原水系地区西部荒漠内陆水系地区。
