两人公司股份可以按以下方式进行分配：

1、两个人平分，各得50%的股份

2、按照出资比例分配，根据出资额计算各应得股份

3、协议分配，双方协议分配的份额。《中华人民共和国公司法》第三十四条规定，股东按照实缴的出资比例分取红利公司新增资本时，股东有权优先按照实缴的出资比例认缴出资。但是，全体股东约定不按照出资比例分取红利或者不按照出资比例优先认缴出资的除外。