内外之别早就有了，早在汉代的匈奴也有南北匈奴之分。内外蒙古之间有一个大漠，这是地理的天然分界，所以自古以来，内蒙古又称漠南蒙古，外蒙古又称漠北蒙古。

除开地理因素，蒙古也有很多部落，不是铁板一块，内蒙古主要部落是科尔沁蒙古，就是出产成吉思汗家族的那个，外蒙古主要是喀尔喀蒙古，和黄金家族没什么亲缘关系。