吉林省河流众多，主要为五大水系。东部延边州主要为图们江水系，包括布尔哈通河、嘎呀河、海兰江和珲春河等东南部鸭绿江水系，浑江流经白山和通化西南部四平辽源一带为辽河水系，主要为东辽河和西辽河延边州汪清和敦化一小部分是绥芬河水系。
其余均为松花江水系，支流有辉发河、伊通河、牡丹江，拉林河、饮马河、洮儿河、嫩江等。吉林省河流和湖泊水面26.55万公顷，省内流域面积在20平方公里以上的大小河流有1648条。主要的湖泊有：长白山天池、松花湖、雁鸣湖、查干湖和月亮泡。
吉林省地貌形态差异明显。地势由东南向西北倾斜，呈现明显的东南高、西北低的特征。以中部大黑山为界，可分为东部山地和中西部平原两大地貌。
地貌类型种类主要由火山地貌、侵蚀剥蚀地貌、冲洪积地貌和冲积平原地貌构成。吉林省主要山脉有大黑山、张广才岭、吉林哈达岭、老岭、牡丹岭等。主要平原以松辽分水岭为界，以北为松嫩平原，以南为辽河平原。吉林省海拔最高点是长白山的白云峰（2691米）。
