1、形态结构上：裸子植物只有根，茎，叶和种子四大器官，被子植物根，茎，叶，种子，花，果实六大器官都有。

2、种子的区别：裸子植物种子外没有果皮包被，是裸露的。被子植物种子外有果皮包被。

3、生活环境上：裸子植物能够在干旱陆地生活，被子植物不能。

4、开花方面：裸子植物不会开花，被子植物会开花。

5、叶型上面：通常裸子植物叶片细长，狭窄。被子植物大多叶片宽大。