公务员副科没有登记并不影响退休，但是他会影响你的退休工资待遇，因为你公务员副科没有登记，个人档案里就不会有记载，副科的身份就确定不了。我们知道退休吋按照你的身份去确定你的退休工资。你档案里没有任职副科的材料，就不会认定你是副科。