他俩的区别主要在于交费的形式不同，报销标准不同，及交费的程序不同。

基本医疗保险是通过用人单位和个人缴费建立医疗保险基金，一般是按月支付，参保人员患病就诊，发生病疗费用后，由医疗保险经办机构给一定的经济补偿。新农合医疗为年度一次性交费。另外基本医疗在画面就医时直接补贴，新农合需要出院办理之后给予补贴。