行政事业单位专项资金管理使用办法主要包括以下内容：

一是行政事业单位专项资金名称。

二是行政事业单位专项资金使用原则，指导思想。

三是行政事业单位专项资金使用方向。

四是行政事业单位专项资金禁止投入方面。

五是专项资金应进行绩效评价。