神舟12号飞船整体采用三舱构型。

神舟十二号延续了以往神舟飞船的三舱构型，也就是由轨道舱、返回舱和推进舱三个舱段构成。

位于飞船最上面的是轨道舱，轨道舱的前端就是交会对接机构，这里将与空间站核心舱进行连接，轨道舱也就成为了航天员进入空间站的必经通道，同时这里也具有储物间的功能。