公章的性质及名称不一样，单位公章即是指机关团体或企事业单位使用的印章。而主管部门公章则是机关团体或企事业单位所属机构专用的印章。二者的适用范围不一样，单位公章适用范围广泛些，代表单位，还涵盖了合同章等。而部门章则只代表所属部门相关的，不能代表单位用章。