学校有国家重点学科1个博士学位一级学科授权点3个硕士学位一级学科授权点3个，硕士专业学位授权类别1个博士后科研流动站2个，上海市重点学科2个，上海市高峰学科、高原学科3个。

上海音乐学院是全国最早建立硕士、博士、博士后流动站的完整教学科研体系的音乐院校，是全国唯一一所拥有“音乐与舞蹈学”“艺术学理论”“戏剧与影视学”三个一级学科博士点的专业音乐学院，形成了音乐创作、音乐表演、音乐理论、音乐应用“四轮驱动”的音乐学科综合体系