肠道菌群大致分为有益菌、条件致病菌、致病菌3类。菌群不同，作用不同，具有促进排泄、引起疾病等不同的作用。

人体肠腔中的八大菌群包括：肠道的正常菌群有双歧杆菌、乳酸菌、厌氧菌及所用的所要少量的需氧菌，调节肠道的益生菌，拟杆生菌、梭菌、大肠杆菌，乳酸杆菌等。