中国科学院副院长、中国科学院大学校长李树深说：“中科院哲学所将以哲学家和科学家共同关切的重大问题为研究导向，致力于探讨现代科学的哲学基础和当代科技前沿中的哲学问题，以及与科技发展密切关联的价值、文化和制度问题。”

研究所下设5个研究中心，包括：逻辑学与数学哲学中心、物质科学哲学中心、生命科学哲学中心、智能与认知科学哲学中心，以及科学与价值研究中心。