二者区别在于：

1、性质不同。公文是属于行政管理的机关公务文件，如：请示、报告、决定等。文件包括公文，范围较大，如：工作的进度报告、总结、计划、方案等。

2、文章格式不同。公文有固定的文章格式要求。文件可以有固定的文章格式，也可以没有固定的文章格式要求。

3、所有人不同。公文的编写和发布人为上级部门，具有法律效力。文件的编写和发布人不仅限于上级部门，可以是任何人，不一定具有法律效力。