1993年7月5日设立巴中地区。巴中地区辖原达川地区的巴中市、通江县、南江县、平昌县，巴中地区行政公署驻巴中市。

2000年6月14日撤销巴中地区和县级巴中市，设立地级巴中市。市人民政府驻新设立的巴州区。(2)巴中市设立巴州区，以原县级巴中市的行政区域为巴州区的行政区域。区人民政府驻巴州镇。(3)巴中市辖原巴中地区的南江县、平昌县、通江县和新设立的巴州区。

2013年元月18日，设立恩阳区，这也是2013年中国唯一获批的成建制县级区。