内部控制缺陷是内部控制制度的建立或者执行没有达到预期标准，内部控制制度无法为企业内部控制目标实现提供合理的保证。内部控制缺陷分为设计缺陷和运行缺陷。 企业为实现内控目标必需的重要控制措施不足，或者设计不合理，致使内部控制目标不能实现属于设计缺陷内部控制执行者没有依据内部控制制度的要求执行，或者执行者不具备有效地实施内部控制的能力，致使内部控制目标不能实现属于运行缺陷。

内部控制缺陷依据影响的程度可分为重大缺陷、重要缺陷和一般缺陷，其中一项或多项控制缺陷致使企业严重偏离控制目标属于重大缺陷。

企业被评估认定有重大缺陷存在，不得出具内部控制有效结论的内部控制评价报告。