1998年长江发生了自1954年以来的又一次全流域性大洪水。从6月中旬起，因洞庭湖、鄱阳湖连降暴雨、大暴雨使长江流量迅速增加。受上游来水和潮汛共同影响，江苏省沿江潮位自6月25日起全线超过警戒水位。南京站高潮位7月6日达9.90m。沿江苏南地区自6月24日入梅至7月6日出梅。由于沿江潮位高，内河排水受阻，形成外洪内涝的严峻局面。

秦淮河东山站最高水位10.28m，居历史第三位滁河晓桥站最高水位达11.29m，超出警戒水位1.79m。