eva第三次冲击发生在新剧场版《破》中。在新剧场版《破》的结尾，真嗣为了救出被使徒捕食的绫波，驾驶初号机并使其觉醒成为“近神的存在”，进而引发第三次冲击。在冲击进行一半的时候渚薰驾驶6号机从月球降落，并用卡西乌斯之枪贯穿初号机，成功中止正在进行的第三次冲击，因此人类并未完全灭绝。