F35A是美国空军陆基常规起降版本，而F35C则是美国海军最新一代舰载机版本。虽然F35A和F35C都同属于F35家族，但是这两款机型连同另外一款垂直起降的F35B在机身硬件上的差异还是比较大的。
首先最基本的就是陆基起降版本的F35A了，这个版本和我们大家想象到的战机属性基本都差不多，没有什么特殊的，不过相比其他的B/C版本而言，空军陆基版本的F35A在左侧进气道上层突起部位是内置有机炮的。
海军陆战队的F35B是在空军F35A基础上，将原来座舱后面的副油箱位置替换成了一个涵道风扇，动力来自主发动机前端涡轮驱动，用以实现F35能够在前部涡轮风扇+后部主发动机和适量控制喷口的配合下，实现短距起飞/垂直起降的能力。F35B因为定位于为两栖登陆舰队提供航空支援，所以并没有配置专属空战需求的内置机炮，不过F35B如果有需求的话，可以在机身腹部中轴线位置挂载一个特殊定制化的机炮吊舱。
海军的F35C相比空军的F35A和海军陆战队的F35B区别还是比较大的，首先在机身尺寸上，为了增强航母的综合作战实力，F35C也和前代机型F-18E/F一样，将单发中型机的F35战机通过放大机身尺寸的方式扩充成重型舰载机。机身尺寸放大后，不仅意味着内部空间增大后拥有更大的作战半径优势，而且更大的翼展也意味着其在航母降落着舰的过程中进场速度更低，能够大幅提升F35C舰载机在航母上着舰的成功率。当然作为舰载机，F35C相比F35A/B除了为了高下沉性而额外加强的机身结构外，前起落架改为更粗壮的双轮带弹射拉杆设计，两侧主翼外侧可以折叠以降低整机停舰尺寸，机身尾部腹下也加装了可以内置回收的拦阻勾设计。
