1、法律效力不同。公章具有对外的法律效力，而资料专用章只能在单位内部使用有效。

2、规格尺寸的法律要求不一样。公章有统一规定的法定规格、形状和尺寸，而资料章的外形和尺寸都是由单位自己规定的，不受到法律的约束。

3、账簿启用表需要加盖公章，财务报表则需要加盖财务专用章和单位公章，因为属于对外出具的报表。

4、一般对外的有法律效力的是公章，比如单位的证明等文件。但是对于增值税发票，公章就不可以，只允许用发票专用章或财务专用章。