两者的区别是会议参加的人员不同，会议的内容也不相同。局长办公会是指局长主持，由各位副局长参加和研究议题相关的科室负责人参加的会议。其内容主要单位日常工作中反映出来需要解决问题。

行政会议也是由局长主持，但由各位副职及单位全体科室负责人参加，主要传达上级精神，研究安排布置全局面上的工作的会议。