真核细胞型微生物(eukaryotic cell microbe)是指具有真正细胞核（即核质和细胞质之间存在明显核膜）的细胞型微生物。真菌细胞中没有光合色素，不能进行光合作用。真核细胞型微生物包括了真菌、真核藻类和原生动物。广泛分布于自然界，种类很多，形态各异。