丙酮不能使蛋白质变性，不可以溶解蛋白质，但能让蛋白质沉淀。

极性有机溶剂因引起蛋白质脱去水化层和降低介电常数而增加电荷间的相互作用而引起蛋白质沉淀。而如果控制在低温下操作并尽量缩短处理时间则可使变性速度减慢。

使用丙酮沉淀时，必须在0～4℃低温下进行，丙酮用量一般10倍于蛋白质溶液体积，蛋白质被丙酮沉淀时，应立即分离，否则蛋白质会变性，除了丙酮以外，也可用乙醇沉淀。