2001年北京大学医学部开始首次招生，最让人眼光发亮的是首推长学制8年临床和口腔。由于协和在很多省份不招生，大量高分考生投入北京大学医学部。经过了十八年的努力和原北医的底蕴，为国家培养了大量临床医学和口腔医学人才。北京大学借助优势地位整合了二十四家国际知名国内著名的三甲医院做为临床教学医院，使学科优势达到国内顶尖水平，就目前来讲肯定是国内最好的医科院校。密云新校区的建设规模和科技标准及教学环境将使北大医学部成为国内第一个闯入世界一流的医科院校。这里要谈的突出临床医学院有三个，即是北京大学的教学医院，又是清华大学的教学医院，这在国内是绝无仅有的。一家是历年骨科全国排名第一的积水潭医院，另两家均是卫健委直属医院北京医院和中日友好医院。北京大学医学部成立之时，便是由全国人大常委会副委员长副国级的韩启德院士担任主任，为北大医学部的发展打下了良好的基础。