孢子和芽孢的区别主要体现在有无繁殖能力，孢子是繁殖细胞，用来繁殖新个体的，芽孢是细菌在恶劣环境下形成的休眠体，一个细菌产生一个芽孢，条件适宜时重新成为一个细菌，数量没有增加，因此芽孢不是细菌的繁殖体，不能繁殖。

孢子是脱离亲本后能直接或间接发育成新个体的生殖细胞。它是有丝分裂或减数分裂的产物，多数为单倍体，少数为二倍体。

孢子一般为单细胞，也可能是多细胞的繁殖体。由于它的性状不同，发生过程和结构各有差异差异，形成了孢子的多样性。