这两个学校不太好比较。扬州大学是综合性大学，南京审计学院是专科大学。南京审计学院是全国唯一一所以审计命名的学校，审计学专业在全国排名前列，全国学科评比为B作为综合性大学，扬州大学除了兽医学在全国有一定地位外，其他专业均为中游，并无出色专业。