中国珠算协会业务主管部门为中华人民共和国财政部。各省、自治区、直辖市、计划单列市、系统(行业)珠算协会为中国珠算协会团体会员，业务上接受中国珠算协会指导。全国绝大多数地市和大部分县市以及少数乡镇都建立了珠算协会。珠算组织遍布全国各地，为发展珠算事打下了坚实的组织基础。

中国珠算协会分别设立珠算史、学术研究、珠心算教育、三算(笔算、珠算、心算)教学、鉴定比赛和师资培训等5个专业委员会，分别承担有关理论研究与学术交流活动的组织推动工作。