区别是性质不同。

合资企业属于股权式的合资，合资双方共同投资，共同经营，按各自的出资比例共担风险、共负盈亏。合作企业属于契约式，中外双方不以投资数额、股权等作为利润分配的依据，而是通过签订合同具体确定各方的权利和义务。