没有什么后果。如果过不了肯定是不满足条件的，情况下才有可能被拒。只要问清楚原因重新申请就可以了。

申请港澳通行证，若公民不满足当地申办条件，或者公民提供的资料不满足办理要求的，办证人员是有权拒绝公民申请办理的业务的，公民可以跟相关人员咨询具体被拒绝的理由。