农村宅基地没有档案可以申请补充登记，也就是重新确权登记，但必须由村委出具证明是合法宅基地，符合一户一子一宅原则，个人提供户口本索引页，户主身份证，结婚证等材料，专业人员会给予测绘，填写确权登记表，重新完善原来的房屋档案，并发不动产登记证。