深圳企业社保缴纳的方式主要有以下三种：自主办理，通过线下或线上代理为员工代缴社保。
一、自主办理
1、深圳企业社保开户流程
企业可在广东省网上办事大厅深圳市人社局窗口在网上申报办理，企业需要按要求录入相关登记信息，并打印《深圳市企业参加社会保险登记表》并在网上申报成功之日起（不含当日）5个工作日内，向企业所在辖区社保机构征收窗口提交《深圳市企业参加社会保险登记表》及其他办理材料，逾期不办的，深圳企业社保缴纳网上申报的信息将自动作废，企业需重新申报。
2、深圳市员工登记及增减员办理流程
企业在处理员工入离职等人事变动时需要对职工社保状态进行增减员处理。新入职员工的社保办理一般分为未参加过深圳企业社保缴纳和已在深圳市参保需要办理继续缴纳两种情况，前者的办理流程参见员工首次参保业务办事指南，后者可按照员工点入参保指南办理。大陆员工只需由企业经办人登录社保局网站进行申报即可。港澳台及外籍员工需到企业所属辖区社保机构征收窗口领取并填写《深圳市社会保险缴费业务申请表》，并附上申请材料到企业缴费所属社保机构征收窗口去办理。员工离职之后的社保停缴业务也可以通过网上办理。
3、深圳企业补缴社会保险相关问题
企业因特殊原因造成职工未缴纳社保或社会保险费未及时到位的情况下，企业因及时申报补缴。各地的补缴时限有所不同，深圳企业可为员工补缴两年以内的养老保险和医疗保险。企业办理补缴业务只能前往单位所在辖区社保机构部门征收窗口办理。
深圳企业社保开户、职工登记、社保补缴等业务时，一般完成线上申报后仍需线下办理，而且相应的社保经办机构为营业执照注册地的社会保险经办机构。对于很多办公地址和注册地址不是同一地址的企业，反复跑当地社保经办机构耗费大量的人力成本。
二、线下代理
为了节约人力和时间成本，同时规避由于社保问题导致的劳务风险，很多用人单位选择社保机构代为办理。线下的社保代理市场存在信息不公开、服务水平参差不齐等问题。特别是社保代理需要具备相关的资质证书，线下代理的专业度和可靠度无法保障。
三、线上代理
线上代理的优势在于：信息透明、平台资质可查，专业度和可靠性高平台在多地有分支机构，服务覆盖城市范围广，能够更好地解决员工异地缴纳社保及社保异地转移的问题。
譬如蚂蚁HR，可以代理社保增员减员，社保转入转出、企业社保代缴补缴，社保年度基数调整、推送政策新闻个人信息填报等业务。这样大家就不用花很多时间去处理社保工作，专注于自己的核心业务，提高公司的效益。
