公积金抵扣协议离职后会继续生效。

住房公积金抵扣是针对住房公积金贷款的一种还款模式，客户可以申请用公积金余额冲抵贷款。

若员工在抵扣期间离职了，可是其公积金个人账户还存在余额，抵扣协议还是继续生效的，待余额抵扣完毕，职工选择选择银行卡还款。