内设机构有：

办公室

规划处

法规处

监测科技处

总量处

环评处

水处

大气处

生态处

核应急处

辐射处

宣教处

人事处

环监局

党办

监察室

直属机构有：

监测中心

辐射中心

环保学校

服务中心

废管中心

宣教中心

信息中心

技术中心

环科院