九寨沟在三国时期属于蜀国管辖。由于北部叠山的阻挡，很长时间没有魏国占领。后来司马昭派钟会、邓艾攻打蜀国，无奈虽有姜维在剑阁苦苦支撑，但是邓艾绕道阴平古道偷袭了成都，蜀国灭亡。随着蜀国的灭亡，九寨沟成为魏国的领土。

魏晋南北朝时期，九寨沟几易其主，前后分别被成汉、后赵、西秦、南凉、北魏、西魏、北周管辖。隋王朝一统全国后，九寨沟所在的地区结束了战火纷飞的局面，老百姓终于能够过上稍微安定的生活。