有六个专业院系。

山西中医学院是一所年轻的等中医药院校。现已成为山西省中医药教育、科研、医疗的中心。

校本部设有中医系、针灸推拿系、中药系、护理系、中西医结合临床医学系和成人教育学院等六个专业教学院系，有60个教研室，17个教学实验室，4个科研实验室，1个科研实验中心。另有一所办学体制相对立的专科层次二级学院山西中医学院推拿职业技术学院。