南京化工大学的前身可追溯到1902年建立的三江师范学堂，三江师范学堂历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立第四中山大学、国立江苏大学、台湾中央大学等历史时期，于1949年更名国立南京大学，翌年定名南京大学。
1952年，全国高校院系调整，南京大学工学院分出，成立南京工学院。
1958年，化工系从南京工学院分出建立南京化工学院，与北京化工大学同属原化工部。
1981年，被国务院批准为首批具有博士、硕士学位授予权单位。
1995年4月，更名为南京化工大学。
1998年7月，由化学工业部管理划转归江苏省人民政府管理。
南京建筑工程学院
1915年，同济医工学堂(附设机师科)创建。
1917年，同济医工学堂(附设机师科)改建为同济医工学校(附设机师科)。
1923年，同济医工学校(附设机师科)改建为同济大学(附设高级职业学校)。
1935年，同济大学(附属高级职业学校)更名为同济大学(附设高级工业职业学校)。
1950年，同济大学(附设高级工业职业学校)更名为同济高级工业学校。
1952年，同济高级工业学校(部分)参与合并组建南京机器制造学校，后发展为南京机械专科学校，现参与合并组建南京工程学院。
1953年，同济高级工业学校撤销。
1953年，咸阳机器工业学校(土木营造科)并入南京建筑工业学校。
1980年，南京建筑工程学校升格为南京建筑工程学院。
1981年，南京建筑工程学校(部分资源)复校南京建筑工程学校（南京城市职业学院）。2001年，南京建筑工程学院撤销。
南京工业大学
2001年5月，原化工部南京化工大学与原建设部南京建筑工程学院合并组建南京工业大学。
